Ternak babi di Nusa Tenggara Timur, khususnya Pulau Flores dijadikan sebagai simbol kebudayaan karena hampir semua acara adat mengunakan daging babi sebagai bahan pangan utama karena mayoritas masyarakat memelihara dan mengonsumsi ternak babi. Salah satu ancaman penyakit pada ternak babi adalah sistiserkosis. Sistiserkosis merupakan salah satu penyakit zoonosis yang umumnya tejadi pada daerah dengan konsumsi daging babi yang tinggi dan tingkat sanitasi lingkungan yang rendah yang disebabkan oleh larva Taenia solium. Sistiserkosis menyebabkan masalah kesehatan masyarakat dan menyebabkan kerugian ekonomi karena penurunan produksi pada babi. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui seroprevalensi sistiserkosis pada babi di Kabupaten Flores Timur dan Manggarai Barat dengan deteksi antigen Cysticercus cellulosae, serta mengetahui hubungan faktor resiko cara pemeliharaan, jenis pakan, keberadaan jamban, dan kebiasaan mencuci tangan petenak dengan kejadian sistiserkosis pada babi. Sebanyak 32 sampel darah babi dikoleksi dari masing-masing kabupaten. Deteksi antigen dilakukan dengan metode Enzyme Linked Immunosorbent Assay dan analisis faktor resiko dilakukan dengan pengujian chi-square dan dilanjutkan dengan perhitungan nilai Odds Ratio (OR). Hasil pengujian menunjukkan seroprevalensi sistiserkosis pada babi di Kabupaten Flores Timur sebesar 53,33%, sedangkan seroprevalensi di Kabupaten Manggarai Barat sebesar 25%. Nilai seroprevalensi ini tergolong tinggi dan menunjukkan tingginya potensi penularan sistiserkosis di kedua kabupaten. Hasil analisis chi-square menunjukkan tidak adanya hubungan yang nyata (P>0,05) antara kejadian sistiserkosis pada babi dengan cara pemeliharaan, jenis pakan, keberadaan jamban, dan kebiasaan mencuci tangan peternak. Berdasarkan hasil ini, maka perlu dilakukannya sosialisasi mengenai kejadian dan seroprevalensi sistiserkosis di Kabupaten Flores Timur dan Manggarai Barat serta potensi penularan sistiserkosis di kedua kabupaten. Kata kunci : sistiserkosis, seroprevalensi, faktor resiko, Flores Timur, Manggarai Barat